L'urbanisation implique des changements structurels avec en partie la création et l'expansion de zones informelles dans les régions en développement et des effets profonds sur la faune. C'est le cas des petits mammifères, réservoirs de nombreux agents pathogènes responsables d'infections zoonotiques majeures et dont la prolifération dans l'écosystème urbain exacerbe les interactions avec l'homme et, par voie de conséquence, les risques sanitaires associés. La leptospirose est une maladie bactérienne et environnementale peu documentée. Agla, Ladji, et Saint Jean sont trois quartiers aux profils socio-environnementaux contrastés de la ville de Cotonou, au Bénin, où nous cherchons à comprendre l'éco-épidémiologie de Leptospira via les hôtes petits mammifères. Un screening qPCR a été réalisé sur 778 petits mammifères issus de ces quartiers. Parallèlement, un SIG caractérisé par des métriques de paysage de différents types d'unités paysagères et des usages sociaux associés aux bâtis, ont été effectués dans ces mêmes quartiers afin d'identifier les caractéristiques du paysage urbain impliqués dans la présence des petits mammifères d'une part et de la présence de Leptospira chez les petits mammifères d'autre part. Nos résultats suggèrent plusieurs points communs dans les structures des communautés de petits mammifères majoritaires (R. rattus, C. olivieri, M. natalensis et R. norvegicus) dans chacun des trois quartiers, l'existence d'espèces largement répandues dans une grande majorité de la ville (R. rattus, C. olivieri) sans association marquée avec un élément du paysage ni aucun usage et enfin, une hétérogénéité spatiale des abondances relatives (M. natalensis, C. gambianus), voire des discontinuités marquées d'un quartier à l'autre (R. norvegicus , P. derooi) de certaines espèces moins fréquentes et/ou inféodées à des environnements plus spécifiques comme R. norvegicus dans les zones humides. Cependant, l'exposition à la leptospirose semble être définie à une échelle très locale (i.e. ménage) et est probablement plus élevée dans les zones caractérisées par une forte couverture herbacée, des décharges informelles, et des eaux stagnantes, en particulier dans les bas-fonds et autour du lac Nokoué. Ces facteurs d'exposition sont associés à certaines espèces de rongeurs réservoirs, notamment Rattus norvegicus. L'étude expose les schémas d'assemblages de petits mammifères dans un contexte urbain africain et révèle les proxys socio-environnementaux associés aux espèces puis au risque d'exposition à la leptospirose dans les communautés urbaines défavorisées.