La toxoplasmose, l'une des infections parasitaires les plus répandues chez l'homme et les animaux, est causée par le parasite protozoaire intracellulaire Toxoplasma gondii. Les petits mammifères jouent un rôle clé en tant qu'hôtes réservoirs intermédiaires dans le maintien du cycle de vie de T. gondii. Dans cette étude, nous avons estimé la prévalence moléculaire de T. gondii et fourni des données sur sa diversité génétique chez 632 petits mammifères échantillonnés dans quatre localités de la ville de Cotonou. Le cerveau et lecœur de chaque individu ont été analysés par qPCR ciblant T. gondii, et les échantillons positifs ont ensuite été génotypés à l'aide d'un ensemble de 15 marqueurs microsatellites spécifiques à T. gondii. Les données de prévalence ont été analysées statistiquement afin d'évaluer l'impact relatif des caractéristiques individuelles de l'hôte, de la distribution spatiale, de la composition de la communauté des petits mammifères ainsi que des caractéristiques du paysage urbain. Une prévalence moléculaire globale de T. gondii de 15,2 % a été estimée et sept génotypes, tous appartenant à la lignée Africa 1, ont pu être extraits du rat noir Rattus rattus, espèce envahissante, et de la musaraigne Crocidura olivieri, espèce indigène. Les analyses statistiques n'ont pas suggéré d'influence significative des paramètres environnementaux utilisés dans cette étude. Au contraire, selon le contexte local, la prévalence de T. gondii semble être associée à l'abondance de rats noirs, de musaraignes ou de souris ainsi qu'à la période de piégeage. Dans l'ensemble, nos résultats mettent en évidence les relations complexes entre les facteurs biotiques et abiotiques impliqués dans l'épidémiologie de T. gondii et suggèrent que R. rattus et C. olivieri sont deux réservoirs compétents pour la lignée Africa 1, une lignée répandue en Afrique tropicale et prédominante au Bénin.